La temporada 2006-07 vuelve a quedar noveno con 52 puntos, y sorprendentemente se planta por primera vez en la final de la Copa del Rey tras eliminar a Xerez C. D., Valencia C. F., C. A. Osasuna y F. C. Barcelona, contra el cual volteó una semifinal que se había complicado mucho en el partido de ida (5-2 en el Camp Nou donde Messi metió un gol considerado copia del gol de oro de Maradona), camiseta japon futbol endosándole un 4-0 en el Coliseum. También esa temporada le es concedido el Trofeo Zamora al portero del Getafe C. F., el «Pato» Abbondanzieri. En la final, que se disputa con el Sevilla F. C., un solitario gol del maliense Kanouté evita la consecución del primer título de su historia, pero se clasifica para la Copa de la UEFA al estar el Sevilla F. C. ya clasificado para jugar otra competición internacional de más rango, camiseta city la Champions League.
